Le microbiote

Fiche santé, biologie



Longtemps ignoré par la science, il est aujourd’hui au cœur de toutes les recherches.


Le microbiote ou flore microbienne constitue l’ensemble des micro-organismes qui vivent sur nous et avec nous. Il représente plus de 70% de notre système immunitaire. C’est le premier rempart contre les infections, les agressions d’agents pathogènes et de toxiques.


Environ 130.000 milliards de microbes le composent : bactéries, virus, champignons, levures, protozoaires, etc. Nous sommes donc des Êtres plus microbiens que cellulaires au niveau de notre constitution physiologique et biologique (100.000 milliards de cellules).


En l’absence de perturbations, il vit en symbiose (équilibre) à la surface de la peau et des muqueuses, des intestins, des poumons, de la bouche, de la gorge, du sexe, de l’œsophage, du placenta.


La qualité de notre microbiote est essentielle pour une bonne santé

Quelques chiffres :


Le microbiote intestinal chez l’individu est composé d’environ 200 souches différentes de micro-organismes, cela représente près de 2 kg de matière. On estime à plus 1000 espèces différents de souches potentielles.

  • La bouche compte 10 milliards de microbes.

  • La peau : 1 million par cm², soit pour une adulte environ 20 milliards.

  • Les poumons : 50.000 bactéries par cm².

  • 1 ml de sécrétion vaginale : de 100 millions à 1 milliard.

  • 3,8 milliards d’années, c’est l’âge des bactéries sur terre. Ce sont les premiers êtres vivants présents sur la planète.

  • Un mètre cube d'air contient entre 1,7 et 40 millions de virus ! Pour les bactéries, la fourchette est plus basse : entre 860.000 et 11 millions. Entre 17.000 et 400.000 virus pénètrent dans nos poumons chaque minute en respirant normalement.


Les fonctions du microbiote intestinal :

  1. Défense immunitaire estimée entre 70 & 80 %

  2. Digestion

  3. Assimilation

  4. Transformation des déchets

  5. Métabolisme

  6. Fonctions neuropsychiatriques

  7. Fabrication d'hormones et de vitamines

  8. Protection, renouvellement et étanchéité de la muqueuse intestinale

  9. Synthèse des protéines

  10. Connecté au cerveau avec 500 millions de neurones via le nerf vague (2ème cerveau)

  11. 95% de la production de la sérotonine (hormone du bien-être)

  12. Production de mélatonine (hormone du sommeil)

  13. Module le pH humoral et abaisse le rH2 vers la réduction.

Le microbiote intestinal n’a pas seulement un rôle immunitaire majeur, mais il contribue en grande partie à la digestion des aliments et leur conversion en nutriments et en carburant ainsi qu’à la synthèse de vitamines indispensables. Des microbes essentiels au fonctionnement de l'humain, immunitaire, digestif, cognitif, psychologique…


Chez l'adulte en bonne santé, les composantes principales du microbiote restent stables. En revanche, chez les bébés, le microbiote change très rapidement au cours des trois premières années de vie avant de devenir mature, c’est-à-dire identique à celui de l’adulte. La composition de son microbiote varie selon le mode de naissance, par voie basse ou césarienne, puis selon l'environnement post-natal : antibiothérapies, excès d’hygiène, alimentation au sein ou au lait de vache, etc. sont autant de facteurs qui réduisent le contact avec les bactéries et appauvrissent le microbiote de l’enfant. Ceci aura un impact immunologique et cognitif pour toute sa vie et pourra provoquer, par exemple, un risque accru d’asthme.


Notre immunité est essentiellement microbienne

La prise d’antibiotiques (anti-vie) détruit cette vie précieuse et protectrice, crée des déséquilibres et donc détruit notre système immunitaire. Par exemple, la destruction de nos bactéries induite par la prise d’antibiotiques va générer une élévation de la population des champignons et levures qui peuvent devenir pathogènes. A l’instar de la prise d’antimycosiques ou d’antifongiques qui vont générer la prolifération de bactéries et créer une dysbiose (déséquilibre). En surnombre, ces bactéries peuvent à leur tour devenir problématiques.


L’utilisation excessive d’antibiotique crée de nouvelles souches bactériennes résistantes. Eh oui ! Le vivant s’adaptera toujours et sera toujours plus fort que les tentatives de l’homme à le détruire ou à le contrôler (homéostasie).


Il suffit de 5 à 7 jours d’antibiotiques pour détruire jusqu’à 50% de la flore intestinale.


Il est donc IMPORTANT de bien réfléchir aux conséquences sur notre immunité avant d’ingérer ces médications. Ce ne sont pas des bonbons sans effets secondaires ! Ils peuvent mener à une déficience immunitaire grave. On pensera à les utiliser en dernier recours, si d’autres solutions plus naturelles n’auront pas fonctionné et si le pronostic vital est engagé. La prise d’antibiotiques peut également engendrer des maladies intestinales liées à la dysbiose de la flore en perturbant sa fonction protectrice.


Prenons grand soin de nos bactéries comme de nos cellules

Il est hasardeux de prendre des probiotiques pharmaceutiques, ceux-ci ne sont composés que de quelques souches et peuvent donc créer un déséquilibre. On va peut-être prendre 4 ou 5 souches de probiotiques alors que l’intestin est composé d’au moins 200 souches différentes. Chaque composition du microbiote intestinal est une signature individuelle et unique qui détermine qui nous sommes. Un peu comme une empreinte digitale. Voilà pourquoi des études montrent qu’après un traitement antibiotique, un microbiote se rétablit beaucoup plus vite sans probiotiques pharmaceutiques qu’avec : 3 semaines VS 6 mois.


Les fibres (prébiotiques) constituent la meilleure alternative pour rétablir le microbiote, c’est le carburant pour la fermentation bactérienne. On les trouve principalement dans les fruits, les légumes, le psyllium, les graines de lin, de chia, etc.

Le jeûne est tout indiqué pour rétablir la symbiose de la flore intestinale.


Les émotions influencent le ventre, mais le ventre influence aussi nos émotions.


Influence du microbiote intestinal sur notre mental :


500 millions de neurones sont répartis le long du système digestif et communiquent avec le système nerveux central. Le système nerveux entérique (intestins) fait partie du système nerveux autonome. Ces neurones qui tapissent notre tube digestif naissent de la même zone embryonnaire que les neurones du système nerveux central.


Le nerf vague permet une communication permanente entre le cerveau et le système nerveux entérique.


Le microbiote produit des substances actives avec une action sur les cellules intestinales mais aussi une action à distance par la sécrétion de molécules neuro-actives.

Une perturbation du microbiote a un impact sur nos émotions et peut être liée à des pathologies neurologies ou psychiatriques : anxiété, dépression, mal-être, autisme, Parkinson, etc.


L'axe intestin-cerveau est bidirectionnel, un mal-être mental influence notre fonction digestive et inversement. Tout est lié.


Une pathologie psychiatrique est en effet observée chez 60 % à 85 % des patients souffrant du syndrome de l’intestin irritable.


Un choc émotionnel, du stress, de l’anxiété ou de la peur se ressentent directement dans le ventre (« boule au ventre », perte d’appétit, diarrhée, vomissement, ballonnement, etc.).

De récentes études ont déjà suggéré que le stress peut entraîner des modifications du microbiote intestinal.


Incidence d’une dysbiose du microbiote :


Les éléments nocifs pour la flore intestinale :


Le stress, l’alcool, le sucre raffiné, l’excès de protéines animales, le manque de fibres, l’eau du robinet de piètre qualité, les produits alimentaires industriels, les additifs alimentaires, l’excès d’hygiène, les désinfectants, les pesticides, les antibiotiques, les médicaments (AINS, IPP, ISRS, metformine, etc.), les antiseptiques, les produits toxiques et chimiques, la pasteurisation, portent atteinte et affaiblissent notre système de défense.


Les éléments bénéfiques pour la flore intestinale :

Les aliments physiologiques, source de prébiotiques


Les sources naturelles de probiotiques :

  • Les olives.

  • Les légumes lactofermentés et la choucroute crue.

  • Le fromage non pasteurisé au lait cru biologique de préférence de chèvre ou brebis.

  • Le kéfir de lait.

  • Le miso fermenté biologique.

  • La levure de bière biologique (levure boulardii).

  • La véritable sauce soja tamari fermentée biologique.

  • Le vinaigre de cidre biologique non pasteurisé.

L’Etre humain a des intestins longs et une flore à fermentation, ceci indique qu’il est constitué pour digérer les végétaux, au contraire des carnivores qui ont des intestins très courts pour déclencher des phénomènes de putréfaction.

Notre microbiote se modifie en fonction des aliments ingérés. Il est donc important de lui fournir les bons éléments.


Les éléments nocifs pour la flore cutanée :

  • Les gels douches industriels

  • Les antiseptiques et désinfectants

  • L’excès d’hygiène

  • Les cosmétiques

Ces éléments portent atteinte à la flore, mais également au film protecteur hydrolipidique et au pH de la peau qui empêchent et régulent le développement anarchique des microbes. Ceci aura pour conséquence la destruction de notre barrière de protection, des irritations, des inflammations et des infections.


Le germe n’est rien, c’est le terrain qui est tout !

Fondamentalement, la maladie n'a qu'une cause : la dégradation du terrain. Les microbes pathogènes ne peuvent se développer que sur un organisme dont le système immunitaire est affaibli par l'excès de toxines dû à des conditions de vie défavorables.


“Un grand nombre de recherches ont démontré que le bon équilibre entre les bonnes et les mauvaises bactéries présentes dans vos intestins est le fondement du bien-être physique, mental et émotionnel.” - Dr. J. Mercola


La constipation enflamme les muqueuses entériques et provoque des putréfactions toxiques et destructrices de la flore intestinale bénéfique. La constipation est responsable du cancer du côlon et de la toxémie générale qui mine la santé de l’individu.” - Pr. R. Lautié


« On peut dire que les fibres végétales sont aussi indispensables qu’un bon compost ou humus de qualité le sont pour un jardin potager. »